Software kompilieren
Da nicht jedes Programm vom HPC-Team optimiert werden kann, da es beispielsweise nur in Binär-Form vorliegt, reicht es, wenn man die Binär-Dateien in sein Homeverzeichnis kopiert. Da diese auf allen Rechenknoten unter demselben Pfad zur verfügung steht, kann man somit das Programm in seinen Job-Scripten verwenden.
...
| Hinweis |
|---|
| Jobs ohne Angabe einer Architektur können auf der UV2000 oder den Ivybridge-Knoten starten oder auch gemischt bei parallelen Jobs. Es empfiehlt sich also eine Erkennung dafür in das Job-Script zu packen und abhängig vom System ein anderes Binary zu starten. |
Eigenes Module-File anlegen
Es besteht die Möglichkeit eigene Module-Files anzulegen um weitere Software innerhalb eines Jobs zu laden. Dazu muss das Modulefile nach ~/.modules abgelegt werden. Am einfachsten ist es, wenn man folgendes Template kopiert und die Variablen am Anfang anpasst.
| Codeblock |
|---|
#%Module########
##
# Load dependencies
set reqs "hpc_basis"
source /software/modules/common/common.tcl
set softwareName "Test-Software"
set softwareVersion "1.0"
# installation base folder of software
set softwareInstallFolder "/software/$softwareName/$softwareVersion/${::env(ARCH)}"
set msg "Sets environment variables for $softwareName $softwareVersion"
# Can be modified
set bin_dir "$softwareInstallFolder/bin"
set includes "$softwareInstallFolder/include"
set libs "$softwareInstallFolder/lib"
# Should not be changed
proc ModulesHelp { } {
global hpc_basis_version
puts stderr "\t$msg"
}
module-whatis "$msg"
if { ! [ file isdirectory $softwareInstallFolder ] } {
puts stderr "\n!!!ERROR!!!\n"
puts stderr "$softwareName not available for architecture ${::env(ARCH)}!"
puts stderr "$softwareInstallFolder does not exist"
exit
}
if {[string compare $bin_dir ""] != 0} {
prepend-path PATH $bin_dir
}
if {[string compare $libs ""] != 0} {
prepend-path LIBRARY_PATH $libs
prepend-path LD_LIBRARY_PATH $libs
}
if {[string compare $includes ""] != 0} {
prepend-path INCLUDE $includes
prepend-path C_INCLUDE_PATH $includes
prepend-path CPLUS_INCLUDE_PATH $includes
prepend-path INCLUDE_PATH $includes
prepend-path LD_INCLUDE_PATH $includes
}
# Additional Paths
# prepend-path PATH $softwareInstallFolder/scripts
if { [ module-info mode load ] && ! [ catch {exec tty -s} ] } {
puts stderr "\n $softwareName ($softwareVersion)"
puts stderr " |--------------------------------------------------------------~o"
if {[string compare $libs ""] != 0} {
puts stderr " binaries : $bin_dir"
}
if {[string compare $libs ""] != 0} {
puts stderr " libs : $libs"
}
if {[string compare $includes ""] != 0} {
puts stderr " includes : $includes"
}
} |