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Eine Beschleunigung durch GPGPUs ist nicht implementiert.
| Hinweis |
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Nach unserer Erfahrung, wird Gaussian nur sehr bescheiden schneller mit steigender Anzahl an verwendeten Cores. Außerdem kommt es immer mal wieder vor, dass eine Rechnung mit einer bestimmten Zahl an Cores nicht konvergiert. Wir vermuten hier eine ungenaue Implementierung seitens der Gaussian-Entwickler. |
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- Offizielle Webseite: http://www.gaussian.com
- Gaussian 09 Users's Reference: http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/g09help.htm
Job Script für die SGI UV2000 (hilbert1, hilbert2)
| Codeblock | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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#!/bin/bash
#PBS -l select=1:ncpus=2:mem=4gb
#PBS -l walltime=12:00:00
#PBS -r n
#PBS -N ###JOB NAME###
#PBS -A ###PROJECT NAME###
GaussianInputFilename=###GAUSSIAN INPUT FILE###
FileBasename=$(basename $GaussianInputFilename)
GaussianOutputFilename="${FileBasename%.*}.$PBS_JOBID.log"
user=`whoami`
#make unique scratch directory on GPFS filesystem
SCRATCHDIR=/gpfs/scratch_gs/$USER/$PBS_JOBID
mkdir -p "$SCRATCHDIR"
#load Gaussian Environment and set scratch directory
module load Gaussian/g09
export GAUSS_SCRDIR=$SCRATCHDIR
#some (useful?) output
LOGFILE=$PBS_O_WORKDIR/$PBS_JOBNAME"."$PBS_JOBID".log"
cd $PBS_O_WORKDIR
echo "$PBS_JOBID ($PBS_JOBNAME) @ `hostname` at `date` in "$PBS_O_WORKDIR" START" > $LOGFILE
echo "`date +"%d.%m.%Y-%T"`" >> $LOGFILE
echo >> $LOGFILE
echo "GLOBAL PARAMETERS">> $LOGFILE
echo "---------------------------" >> $LOGFILE
echo "Node : "$HOSTNAME >> $LOGFILE
echo "Arch : "$ARCH >> $LOGFILE
echo "---------------------------" >> $LOGFILE
echo "RunDir : "$PBS_O_WORKDIR >> $LOGFILE
echo "InputFile : "$GaussianInputFilename >> $LOGFILE
echo "OutputFile : "$GaussianOutputFilename >> $LOGFILE
echo "ScratchDir : "$GAUSS_SCRDIR >> $LOGFILE
echo "GaussianDir: "$GAUSS_EXEDIR >> $LOGFILE
#execute gaussian IN the (fast) scratch directory
cd $SCRATCHDIR
g09 < $PBS_O_WORKDIR/$GaussianInputFilename > $GaussianOutputFilename
#copy files back from scratch directory
cp -r "$SCRATCHDIR"/* $PBS_O_WORKDIR/.
cd $PBS_O_WORKDIR
#print the last known statistics of the job (memory usage, cpu time, etc...)
echo >> $LOGFILE
qstat -f $PBS_JOBID >> $LOGFILE
echo "$PBS_JOBID ($PBS_JOBNAME) @ `hostname` at `date` in "$RUNDIR" END" >> $LOGFILE
echo "`date +"%d.%m.%Y-%T"`" >> $LOGFILE |
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| Codeblock | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
[...] %nproc=2 %mem=4096MB [...] |
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###JOB NAME### und ###PROJECT NAME### müssen noch entsprechend von Ihnen angepasst werden, ebenso wie Walltime (die hier beispielsweise auf 12 Stunden limitiert ist).